amafeeの手数料計算は、"出店型出品"契約の手数料を計算しています。
ほとんどのひとはこの出店型出品の契約になっているはずですが、かなり昔からAmazonでの販売をされていた方には、出店型契約ではなく、"大口プロマーチャント"という契約になっている方がいます。
どちらの契約にも短所・長所があります(手数料体系も異なります)。
わかり易くまとめられているブログがあるので、そちらにリンクを貼らせていただきます。ご参考ください。
Amazon販売・輸入・せどり・個人事業主・確定申告ノウハウ小放出♪ さく の 起業への道♪♪ ブログ
恐れ入りますが、amafeeは大口プロマーチャント契約の計算には対応していませんのでご了承ください。